近年來，固相萃取技術應用得到快速發展，已廣泛應用于食品、環境、制藥等行業，成為樣品前處理凈化的有效手段之一。可是，用戶在固相萃取過程中也會遇到各種各樣的問題。
以下是固相萃取操作中常見的問題：
在一次完整的SPE操作中，目標化合物可能會存在于樣品溶液流出液、淋洗液、洗脫液或吸附劑中，當“目標物沒有回收或回收率低” 現象發生時，可向樣品溶液加入標液，然后進行完整的SPE操作并將樣品流出液、淋洗液和洗脫液分別收集并分析，首先確定目標化合物存在于哪一部分，進而確定問題來自下列哪一環節：
當超過5%的目標化合物出現在樣品流出液或淋洗液時即可斷定“目標化合物在吸附劑上的保留不足”。具體的原因如下：
a) SPE柱選擇不合適；
b) 樣品容積和淋洗液的洗脫強度過強；
c) 樣品溶液體積或濃度過高，發生“穿透”；
d) 沒有很好的對SPE柱進行預處理。
當目標化合物在樣品溶液流出液和淋洗液中未出現而洗脫液中僅有少量或未出現時，可判斷“目標物未被完全洗脫”。具體的原因如下：
a) 小柱對化合物保留太強，找不到合適的洗脫溶劑；
b) 洗脫液洗脫強度不夠；
c) 洗脫液體積太小。
如果目標化合物在洗脫液中正常出現，那么回收率不足的問題應該來自樣品前處理的其他環節。具體的原因如下：
a) SPE前的提取效率不足；
b) 前處理步驟太繁瑣，目標化合物損失；
c) 目標物揮發性較強，在濃縮步驟損失；
d) 目標化合物在前處理溶劑環境中分解。
在使用固相萃取小柱進行樣品前處理時，若出現萃取效果重現性差，可能的原因及改進辦法如下：
1、 上樣前，柱床干涸。改進方法：重新火花并平衡。
2、 吸附劑填裝不緊。改進方法：提出換貨，或用小棍擠壓柱床。
3、 樣品液流速過快。改進方法：降低流速，通常來說流速低于5mL/min時，結果是穩定的。
4、 超出小柱的載樣能力。改進方法：減小載樣量，或用規格更大的SPE小柱。
5、 洗脫機用量不足。改進方法：增加洗脫機的用量或者用更小規格的SPE小柱。
通常而言采用保留目標化合物的模式比保留雜質的模式凈化效果好，如果正在分析的項目為某一種或某一類化合物分析，最好是采用保留目標化合物的凈化模式；舉一個簡單的例子，同樣是分析蔬菜中的多菌靈和噻菌靈(一類堿性農藥)，使用陽離子交換柱可以專一性地保留這些農藥，使它們基本與干擾物完全分離，而使用正相吸附劑或石墨化炭黑進行保留干擾物的操作僅能把主要的干擾物除去，仍有較多干擾物存留。
另外，如果不止一種SPE柱可用于目標化合物的凈化時，應挑選選擇性好的吸附劑；選擇性方面，離子交換＞正相＞反相。
對于反相模式和正相模式，應在不影響回收率的前提下，增大淋洗液洗脫的強度并降低洗脫液的洗脫強度。
對于反相模式，可將目標化合物的水溶液上樣，然后依次用5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%的甲醇水溶液洗脫，分別收集洗脫液分析，建立淋洗曲線，找出目標化合物被洗脫時的溶劑體系，淋洗液中甲醇的含量應稍低于目標化合物恰好被洗脫時的溶劑體系，而洗脫液中甲醇的含量應稍高于目標化合物恰好被完全洗脫時的溶劑體系；當純甲醇不能洗脫目標化合物時，應試驗甲醇-甲基叔丁基醚混合溶液的洗脫曲線；對于某些既不溶于水也不溶于甲醇的離子型化合物，可以在溶劑體系中加入酸或堿。
對于正相體系，可將目標化合物的正己烷溶液上樣，然后依次用5%、10%、20%、30%、40%、50%、60%、70%、80%、90%、100%的正己烷甲基叔丁基醚溶液洗脫，分別收集洗脫液分析，建立淋洗曲線，找出目標化合物被洗脫時的溶劑體系，淋洗液中甲基叔丁基醚的含量應稍低于目標化合物恰好被洗脫時的溶劑體系，而洗脫液中甲基叔丁基醚的含量應稍高于目標化合物恰好被完全洗脫時的溶劑體系。
SPE柱中的吸附劑可能存在少量干擾物，有效地活化可以避免這些干擾物進入洗脫液，活化溶液應選擇整個操作中洗脫強度最強的溶劑體系；在反相模式中，從樣品溶液到洗脫液主要涉及0%-100%甲醇水溶液，所以活化溶液應選純甲醇，當目標化合物需要用甲醇-甲基叔丁基醚混合液洗脫時，活化溶液應選甲基叔丁基醚；在正相模式中，從樣品溶液到洗脫液主要涉及0%-100%正己烷-甲基叔丁基醚溶液，所以活化溶液應選純甲基叔丁基醚。
使用固相萃取小柱過程中，若出現SPE柱流速過低的情況，可能的原因及改進辦法如下：
1、 樣品溶液含有較多顆粒雜質，堵塞了篩板。改進辦法：上樣前對樣品溶液進行離心或過濾。
2、 樣品溶液黏度太高。改進辦法：用樣品溶液對樣品進行稀釋。
3、 SPE柱柱床太高，對液體的阻力過大。改進辦法：使用輔助工具：使用固相萃取儀，并在液體路出口減壓；在液體入口加壓。
其實，只需要一臺鼎泰恒勝全自動固相萃取儀，就可以避免大部分的問題。自動完成固相萃取全過程：柱活化-上樣-柱淋洗-柱干燥-柱洗脫，自動完成柱切換等功能，實現批量樣品的處理。
